可惜明成祖去世後十年不到，明朝就收縮防線，取消在草原駐軍的衛所，將明軍撤至長城沿線佈防。又過了十多年，明英宗竟然被瓦剌俘虜了。明朝從此徹底喪失對蒙古的戰略主動權。直到明朝後期明穆宗時代，才勉強使遊牧到漠南，力量已削弱的那部分蒙古部落名義上臣服明朝。
真正解決蒙古問題並劃入疆域的是清朝。